万钢在报告中指出，党的十八大以来，以习近平同志为总书记的党中央把创新摆在国家发展全局的核心位置，高度重视科技创新，围绕实施创新驱动发展战略、加快推进以科技创新为核心的全面创新，提出一系列新思想、新论断、新要求，是科技工作的行动指南和基本遵循。
万钢强调，“十三五”时期是深入实施创新驱动发展战略、全面深化科技体制改革的关键时期，也是我国进入创新型国家行列的决胜阶段，必须认真贯彻党中央战略决策和部署，准确把握国内外科技发展趋势，深刻认识引领经济发展新常态的新要求，发挥科技创新在供给侧结构性改革中的基础、关键和引领作用，塑造更多依靠创新驱动、更多发挥先发优势的引领型发展。
一要围绕构筑国家先发优势，加强重大任务布局，加快实施国家科技重大专项，实施“科技创新2030—重大项目”，在重要战略方向率先突破，2030年重大项目和面向2020年的重大专项形成了相互衔接、梯次有序的战略布局。构建具有国际竞争力的产业技术体系，加速引领产业变革。
二要围绕提升原始创新能力，持续加强基础研究，牵头发起和组织国际大科学计划和大科学工程，在重大创新领域组建一批国家实验室，加快集聚高水平创新人才。
近年来中央科技财政持续加大了对基础研究的投入，但我国全社会R&D经费中，基础研究经费占比明显低于主要创新型国家，且来源单一，主要依赖中央财政投入。企业R&D经费高速增长，但其中基础研究的经费比例很低。万钢强调，未来五年，要持续加强基础研究，既要继续发挥中央财政的主体作用，也要带动地方财政重视基础研究，还要进一步优化创新环境，落实创新政策，引导企业加大基础研究投入力度，为经济社会发展积蓄原始创新的能力。
根据中央要求，“十三五”期间要在重大创新领域组建一批国家实验室。万钢强调，国家实验室代表国家战略创新的高水平，体现国家战略意图，必须由政府提供高强度的支持，目前的关键是要做好管理机制设计和重点领域的选择。
此外还要依托企业、高校、科研院所，建设一批国家技术创新中心，推动高等院校、科研院所和企业开放共享科研基础设施和创新资源。
国际方面，中国已经参与了很多国际大科学计划和大科学工程，比如全球综合地球观测系统、平方公里射电望远镜、综合大洋深海钻探、热核聚变实验堆计划等。万钢表示，我们在积极参与这些大科学计划和工程的同时，还要适时在我国优势领域当中提出并牵头组织国际大科学计划和大科学工程，在解决人类共同面对的科学难题上贡献中国力量。
三要围绕推进大众创业、万众创新，大力发展科技服务业，发展众创空间等公共服务平台，支持众创众包众筹众扶，服务实体经济转型升级。
四要围绕拓展创新发展空间，支持北京、上海建设具有全球影响力的科技创新中心，加快国家自主创新示范区和国家高新区建设布局，建设一批带动力强的创新型省份、城市和区域创新中心，打造“一带一路”协同创新共同体，全方位融入和布局全球创新网络。
五要围绕提升国家创新体系整体效能，深化科技体制改革，推动政府职能从研发管理向创新服务转变，强化企业创新主体地位和主导作用，提升高等学校、科研院所创新能力，实施科技成果转移转化行动，加速科技成果转化为现实生产力。
六要加快集聚创新人才。深入实施创新人才推进计划，推进创新人才结构的战略性调整。大力培养和引进创新人才，健全科技人才评价激励机制，完善科研事业单位收入分配制度改革，实施以增加知识价值为导向的激励机制。
万钢强调，要继续深化和完善国家重点研发计划项目的形成机制，这是新一轮国家科技计划管理改革的重点。新的机制面向各地区各行业征求意见，通过各部门各领域专家凝聚国家战略需求，聚焦国家战略重点研发任务，再经过战略咨询和综合评议后有序启动，终实现创新资源的科学合理配置。去年开始，科技部向各地各行业征求建议，得到全社会各界的高度支持，收到了2400多个有关科技计划的建议。