《意见》从四个方面部署了相关工作：
一是强化环境硬约束，推动去除落后和过剩产能。《意见》提出，去产能是供给侧结构性改革的要任务。要明确重点任务，加大环境监管力度，积极促进淘汰落后产能和化解过剩产能。要突出抓好钢铁、煤炭行业环境保护综合整治。一要加快清理整顿违法违规建设项目。各省级环保部门要按照相关安排，督促下级人民政府加快推进违法违规建设项目清理工作。尚未全面完成建设项目排查的，要在2016年5月底前限时完成排查任务。各省级环保部门应当对下级人民政府清理整顿工作进行监督检查，按月调度情况并对市、县工作情况开展抽查，从2016年5月开始，每月10日前将进展情况报送环境保护部。
同时，各地要加快推进取缔“十小”等污染严重企业，加速淘汰黄标车和老旧车。
二是严格环境准入，促进提高新增产能质量。《意见》指出，通过提高环境准入门槛，促进新增产能更优，新增产品更加环境友好，不断满足全社会日益增加的对高质量产品和服务的需求。一要优化新增产能布局和结构。加快开展京津冀等地区战略环评。二要加强规划环评与建设项目环评联动。全面开展产业园区等重点领域规划环评。三要严禁新增低端落后产能。各地在制定产业市场准入负面清单时，要充分考虑当地环境质量状况，防范过剩和落后产能跨地区转移。四要鼓励发展优质产能。对于产品升级换代、工艺技术改造等建设项目给予大力支持。2016年底前，完成建设项目环评分类调整。五要促进企业加快升级改造。各地应综合考虑，科学合理制定地方污染物排放标准，充分发挥环境标准引领企业升级改造和倒逼产业结构调整的作用。
三是落实环境治理任务，推动环保产业发展。《意见》提出，大气、水、土壤污染防治三大战役提出了明确的环境质量改善目标和污染治理任务，为环保产业扩大产业规模、优化产业结构、提高技术水平和市场化程度提供了大好机遇。环保产业发展也将为实现环境质量改善目标提供有力支撑。一要扩大有效市场需求。各地要重点围绕大气、水和土壤污染防治，推动实施一批环保工程项目。二要积极推进政府和社会资本合作(PPP)模式。三要鼓励发展环境服务业。四要规范环境服务市场。五要推广先进适用技术和生态化治理技术。六要大力推动治污工程生态化。各地要立足本地实际，遵循自然规律，把治污工程建设与生态修复、景观营造有机结合，在有效治污的同时，打造出更多的环境友好型生态空间。
四是推进创新驱动，完善支持政策。《意见》要求，创新环境保护政策，坚持逆向约束和正向激励并重，增强市场主体环境保护内生动力，推动建设资源节约型、环境友好型产业体系。一要推行环保领跑者制度。选择生产和使用量大、减排潜力大、标准完善、绿色供应链管理先进、环境友好替代技术成熟的产品，组织实施产品环保领跑者制度。二要推进以绿色生产、绿色采购和绿色消费为重点的绿色供应链环境管理。三要实施差别化排污收费政策。四要加强企业环境信用体系建设。五要完善环境监管执法机制。全面推行“双随机”制度。对企业的日常监管执法，采取随机抽取检查对象、随机选派执法检查人员方式开展。六要严格监督检查。加大对环境质量改善不力地区环境监管执法情况的监督检查力度，督促其严格监管执法、依法处罚违法行为。